
Die Stadt Chania wurde auf den Überresten der antiken Stadt Kydonia (Linear B-Schrift KU DO NI JA), welche vom König Minos gegründet wurde, erbaut. Der Überlieferung nach erhielt die Stadt Kydonia ihren Namen nach dem Enkel Kýdon des Königs Minos (Sohn von Apollon und Akakallis, der Tochter des Königs Minos).
Spuren im Altstadtviertel Kastelli, östlich des Hafens gelegen, reichen bis in die Jungsteinzeit (3400 - 3000 v.Chr.) zurück. Damit ist Chania eine der ältesten ununterbrochen besiedelten Siedlungen Europas.
1600 - 1100 v.Chr. war Kydonia durch ihre Keramikproduktion eine blühende Handelsstadt. Aufgrund des Hafens hatte sie Handelsverbindungen bis Ägypten - Palästina und Zypern.
1450 - 1425 v.Chr. wurde die Stadt durch die Mykener zerstört. Die damit auf ganz Kreta verbundene Zerstörung der meisten Paläste überstand der im Zentrum von der Stadt gelegene Palast, sowie der Palast von Kossos, schadlos.
Im Jahr 69 v.Chr. besetzten die Römer die Insel unter der Führung des Konsuls Quintus Caecillius Metellus. Die Menschen der Stadt Kydonia wehren sich unter der Führung von Lastéenes und Pavares heroisch, aber schließlich unterliegen sie doch.
67 v.Chr. erhält die Stad den Status einer freien Stadt.
Ab dem 3. Jahrhundert verbreitet sich das Christentum und Kydonia wird Bischofssitz. Bis zum 9. Jh. wird Kydonia als Bischofssitz in Akten der Synoden sowie in den "kirchlichen Protokollen" erwähnt.
824 - 828 erfolgt die Eroberung durch die Sarazenen, wobei Kydonia zerstört wird. Die neu errichtete Siedlung erhält den Namen Chania (Al Chania, vermutlich nach dem arabischen Al Hanim - Herberge).
Nach der Eroberung von Konstantinopel durch die Latiner (1204 n.Chr) wird Kreta, Bonifaz, dem Marquis von Momferato abgetreten. Jedoch der genuesische Graf v. Malta, Erico Picotori, erobert Chania und befestigte die Akropolis von Kydonia. Nachdem die Venizianer Kidonia gekauft hatten, bezeichneten sie Picatori als Pirat und vertrieben ihn.
Mitte des 16 Jahrhundert wird Chania mit Mauern und einem Graben, nach Bauplänen des veronesischen Ing. Michele Sanmicheli befestigt. Die innerhalb der Befestigung entwickelte städtebauliche Struktur ist bis in die heutige Zeit erhalten geblieben.
August 1645 wird Chania von den Türken erobert. Von nun an ist Chania der Residezsitz des Paschas. Die Katho- lischenkirchen werden zu Moscheen umfunktioniert und es werden noch neue Moscheen dazu gebaut. Die Stadt erweitert sich während viele Gebäude einen "orientalischen" Charakter annehmen.
Kurz vor der Revulotion von 1821 hat Chania bei einer offiziellen Volkszählung 13.812 Einwohner.
Davon 9469 Türken, 3477 orth. Christen, 485 Juden, 159 Katholiken, 5 Protestanten und 4 Armenier.