
Archäologische Funde aus der Jungsteinzeit (6000-2600 v. Chr.) in der Idäischen Grotte im Massiv des Psiloritis, dem höchsten Berg Kretas im Ida-Gebirge, zeugen von einer sehr frühen Besiedlung von Rethymnon (Rhithymna).
Ein eindeutiger Hinweis auf die Stadt Rhithymna findet man auf in der Stadt geprägten Münzen, die auf der einen Seite einen Kopf, entweder des Apollons oder der Athene, und auf der anderen Seite Meeressymbole wie einen Dreizack oder zwei Delphine darstellen. Diese Münzen waren eine Grabbeigabe und wurden im Stadtteil Mastampas gefunden. Hierdurch ist die Existenz einer Siedlung aus der spätminoischen Zeit (1350 - 1250 v. Chr.) mit großer Sicherheit belegt.
Über die genaue Lage, an der sich das antike Rhithymna befunden hat, kann man allerdings nichts mit Bestimmtheit sagen.
Es ist jedoch nicht auszuschließen, daß sich schon viel früher an der heutigen Stelle der Stadt, ein Siedlung befand, und sich der Name bis heute erhalten hat.